Miljösamverkan östra Skaraborg är ansvarig för tillsynen av kommunala naturreservat. Det finns även naturreservat som inte är kommunala, dessa har Länsstyrelsen tillsyn över. Vid tillsynen görs en bedömning av hur reservatets föreskrifter följs. Miljönämnden östra Skaraborg kan efter ansökan ge dispens till intrång i kommunala reservat för åtgärder som inte strider mot syftet med reservatet.
I Falköping, Hjo och Skövde finns flera kommunala naturreservat:
Bestorp (Falköping)
Billingekleven (Skövde)
Getaryggen (Skövde)
Gröna mad (Falköping)
Hjoåns dalgång (Hjo)
Klasborg-Våmb (Skövde)
Mössebergs östsluttning (Falköping)
Nohlmarken (Skövde)
Ulveksbackarna (Skövde)
Väsmestorp (Falköping)